Merge pull request #185 from inbo/installation

Updated installation instructions

Author: ThierryO

content/installation/administrator/admin_install_git/.gitconfig

@@ -0,0 +1,7 @@
+[user]
+	name = Voornaam Achternaam
+	email = voornaam.achternaam@inbo.be
+[core]
+	autocrlf = true
+[fetch]
+	prune = true

content/installation/administrator/admin_install_git/index.md

@@ -1,7 +1,6 @@
 ---
 title: "Git installation"
 description: "Installation instructions for Git (in Dutch). Git is a free and open source distributed version control system designed to handle everything from small to very large projects with speed and efficiency."
-date: 2017-10-18T00:29:14+02:00
 categories: ["installation"]
 tags: ["git", "version control", "installation"]
 ---
@@ -10,20 +9,31 @@ tags: ["git", "version control", "installation"]
 
 De installatiebestanden zijn beschikbaar via http://git-scm.com/downloads
 
-1. Voer het installatiebestand uit
-1. Welkom bij de installatie: klik op _Next_
-1. Aanvaard de licentievoorwaarden door _Next_ te klikken
-1. Installeer git in de voorgesteld standaard directory.
-1. Gebruik de standaard componenten door _Next_ te klikken
-1. Kies `use Git from the Windows Command Prompt` en klik _Next_
+1. Installeer eerst `notepad++`.
+1. Voer het installatiebestand uit en klik _Ja_.
+1. Welkom bij de installatie: klik op _Next_.
+1. Aanvaard de licentievoorwaarden door _Next_ te klikken.
+1. Installeer git in de voorgestelde standaard directory.
+1. Gebruik de standaard componenten door _Next_ te klikken.
+1. Klik _Next_ om de menu map in te stellen.
+1. Kies `Notepad++` als editor.
+1. Kies `use Git from the command line` en klik _Next_.
+1. `Use OpenSSL library` en klik _Next_.
 1. Kies `Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings` en klik _Next_
 1. Kies `use Windows' default console window` en klik _Next_
-1. Klik op _Finish_
+1. Kies `Default` en klik _Next_.
+1. Gebruik de standaard door _Next_ te klikken.
+1. Gebruik de standaard door _Install_ te klikken.
+1. Vink alles uit en klik op _Next_.
+1. Download [.gitconfig](.gitconfig).
+Open het bestand met een editor en pas de `name` en `email` aan.
+Bewaar het bestand in `c:/users/username`.
 
 ### Afwijkingen t.o.v. default installatie
 
-- `use Git from the Windows Command Prompt`
+- `Notepad++` als editor
 - `use Windows' default console window`
+- `.gitconfig` download, aanpassen en bewaren in de map van de gebruiker
 
 ## Ubuntu
 

content/installation/administrator/admin_install_r/Rprofile.site

@@ -3,7 +3,6 @@ options(
   tab.width = 2,
   width = 80,
   help_type = "html",
-  stringsAsFactors = TRUE,
   keep.source.pkgs = TRUE,
   xpinch = 300,
   ypinch = 300,
@@ -36,6 +35,3 @@ if (interactive()) {
     }
   )
 }
-
-# required for RStan and brms
-Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")

content/installation/administrator/admin_install_r/index.Rmd

@@ -19,57 +19,74 @@ knitr::opts_chunk$set(
 
 ## Windows
 
-Installatiebestand beschikbaar via https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/
+Installatiebestand beschikbaar via [cloud.r-project.org](https://cloud.r-project.org/bin/windows/base)
 
-In de onderstaande tekst moet je in `R-3.x.y` zowel `x` als `y` vervangen door een cijfer om zo het huidige versienummer te krijgen. Dus voor versie `R-3.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
+In de onderstaande tekst moet je in `R-4.x.y` zowel `x` als `y` vervangen door een cijfer om zo het huidige versienummer te krijgen. 
+Dus voor versie `R-4.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
 
 ### Nieuwe installatie van R
 
-1. Voer het bestand _R-3.x.y-win.exe_ uit.
+1. Voer het bestand _R-4.x.y-win.exe_ uit.
 1. Kies _Nederlands_ als taal voor de installatie en klik op _OK_.
 1. klik op _Volgende_.
 1. Aanvaard de licentievoorwaarden door op _Volgende_ te klikken.
-1. Gebruik de standaarddoelmap en klik op _Volgende_.
-1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_. Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
+1. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op _Volgende_.
+1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_. 
+Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
 1. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op _Volgende_.
-1. Geef de map voor het start menu en klik op _Volgende_. Je mag de standaardwaarde gebruiken.
+1. Geef de map voor het start menu en klik op _Volgende_. 
+Je mag de standaardwaarde gebruiken.
 1. Vink de gewenste extra snelkoppelingen _aan_ (default is ok), alle register entries _aan_ en klik op _Volgende_.
-1. R wordt nu geïnstalleerd. Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
-1. Ga naar `Start` en tik "Omgevingsvariabelen" in het veld `Programma's en variabelen zoeken`. Selecteer `De omgevingsvariabelen van het systeem bewerken`. Selecteer het tabblad `Geavanceerd` en klik op de knop `Omgevingsvariabelen`. Ga na of er een systeemvariabele `R_LIBS_USER` met waarde `C:/R/library` bestaat^[Het moeten forward slashes zijn.]. Indien niet, maak deze aan met de knop `Nieuw`. Sluit al deze schermen via de `OK` knop.
-1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`) Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
-1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library` en `C:\R\library`
+1. R wordt nu geïnstalleerd.
+Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
+1. Ga naar `Start` en tik "Omgevingsvariabelen" in het veld `Programma's en variabelen zoeken`. 
+Selecteer `De omgevingsvariabelen van het systeem bewerken`. 
+Selecteer het tabblad `Geavanceerd` en klik op de knop `Omgevingsvariabelen`. 
+Ga na of er een systeemvariabele `R_LIBS_USER` met waarde `C:/R/library` bestaat^[Het moeten forward slashes zijn.]. 
+Indien niet, maak deze aan met de knop `Nieuw`. 
+Sluit al deze schermen via de `OK` knop.
+1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`). 
+Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
+1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\R\R-4.x.y\library` en `C:\R\library`.
 
 #### Afwijkingen t.o.v. default installatie
 
+- Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y`
 - **alle** gebruikers moeten **volledige** rechten hebben in 
     - `C:\R\library`
-    - `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library`
+    - `C:\Program Files\R\R-4.x.y\library`
 - Systeemvariable `R_LIBS_USER` instellen op `C:/R/library` (**verplicht forward slashes**)
-- [`Rprofile.site`](Rprofile.site) in `C:\Program Files\R\R-3.x.y\etc` overschrijven
+- [`Rprofile.site`](Rprofile.site) in `C:\R\R-4.x.y\etc` overschrijven
 
-**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
+**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** 
+Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
 
 Start `R` als een gewone gebruiker om de configuratie te testen.
 
 ### Upgrade van een bestaande R installatie
 
-**Deze instructies veronderstellen dat R en RStudio in het verleden reeds geïnstalleerd werden volgens de bovenstaande instructies. Indien dan niet het geval is, volg dan de instructies voor een nieuwe installatie.**
+**Deze instructies veronderstellen dat R en RStudio in het verleden reeds geïnstalleerd werden volgens de bovenstaande instructies.
+Indien dat niet het geval is, volg dan de instructies voor een nieuwe installatie.**
 
-1. Voer het bestand _R-3.x.y-win.exe_ uit.
+1. Voer het bestand _R-4.x.y-win.exe_ uit.
 1. Kies _Nederlands_ als taal voor de installatie en klik op _OK_.
 1. klik op _Volgende_.
 1. Aanvaard de licentievoorwaarden door op _Volgende_ te klikken.
-1. Gebruik de standaarddoelmap en klik op _Volgende_.
-1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_. Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
+1. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op _Volgende_.
+1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_.
+Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
 1. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op _Volgende_.
 1. Geef de map voor het start menu en klik op _Volgende_. Je mag de standaardwaarde gebruiken.
 1. Vink de gewenste extra snelkoppelingen _aan_ (default is ok), alle register entries _aan_ en klik op _Volgende_.
-1. R wordt nu geïnstalleerd. Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
-1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`) Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
-1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library`
+1. R wordt nu geïnstalleerd.
+Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
+1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`).
+Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
+1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\R\R-4.x.y\library`
 1. De nieuwe R versie is klaar voor gebruik. De gebruiker moet `RStudio` bijwerken.
 
-**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
+**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.**
+Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
 
 Start `R` als een gewone gebruiker om de configuratie te testen.
 

content/installation/administrator/admin_install_r/index.md

@@ -15,19 +15,20 @@ Windows
 -------
 
 Installatiebestand beschikbaar via
-<a href="https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/" class="uri">https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/</a>
+[cloud.r-project.org](https://cloud.r-project.org/bin/windows/base)
 
-In de onderstaande tekst moet je in `R-3.x.y` zowel `x` als `y`
+In de onderstaande tekst moet je in `R-4.x.y` zowel `x` als `y`
 vervangen door een cijfer om zo het huidige versienummer te krijgen. Dus
-voor versie `R-3.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
+voor versie `R-4.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
 
 ### Nieuwe installatie van R
 
-1.  Voer het bestand *R-3.x.y-win.exe* uit.
+1.  Voer het bestand *R-4.x.y-win.exe* uit.
 2.  Kies *Nederlands* als taal voor de installatie en klik op *OK*.
 3.  klik op *Volgende*.
 4.  Aanvaard de licentievoorwaarden door op *Volgende* te klikken.
-5.  Gebruik de standaarddoelmap en klik op *Volgende*.
+5.  Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op
+    *Volgende*.
 6.  Selecteer de gewenste componenten en klik op *Volgende*. Je **MOET**
     deze standaardwaarden laten staan.
 7.  Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op *Volgende*.
@@ -46,20 +47,20 @@ voor versie `R-3.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
     `Nieuw`. Sluit al deze schermen via de `OK` knop.
 12. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in
     de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt
-    (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`) Hierbij moet je het bestaande bestand
-    overschrijven.
+    (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`). Hierbij moet je het bestaande
+    bestand overschrijven.
 13. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor
-    `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library` en `C:\R\library`
+    `C:\R\R-4.x.y\library` en `C:\R\library`.
 
 #### Afwijkingen t.o.v. default installatie
 
+-   Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y`
 -   **alle** gebruikers moeten **volledige** rechten hebben in
     -   `C:\R\library`
     -   `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library`
 -   Systeemvariable `R_LIBS_USER` instellen op `C:/R/library`
     (**verplicht forward slashes**)
--   [`Rprofile.site`](Rprofile.site) in `C:\Program Files\R\R-3.x.y\etc`
-    overschrijven
+-   [`Rprofile.site`](Rprofile.site) in `C:\R\R-4.x.y\etc` overschrijven
 
 **R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden
 een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de
@@ -74,11 +75,12 @@ reeds geïnstalleerd werden volgens de bovenstaande instructies. Indien
 dan niet het geval is, volg dan de instructies voor een nieuwe
 installatie.**
 
-1.  Voer het bestand *R-3.x.y-win.exe* uit.
+1.  Voer het bestand *R-4.x.y-win.exe* uit.
 2.  Kies *Nederlands* als taal voor de installatie en klik op *OK*.
 3.  klik op *Volgende*.
 4.  Aanvaard de licentievoorwaarden door op *Volgende* te klikken.
-5.  Gebruik de standaarddoelmap en klik op *Volgende*.
+5.  Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op
+    *Volgende*.
 6.  Selecteer de gewenste componenten en klik op *Volgende*. Je **MOET**
     deze standaardwaarden laten staan.
 7.  Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op *Volgende*.
@@ -89,11 +91,10 @@ installatie.**
 10. R wordt nu geïnstalleerd. Klik op *Voltooien* als de installatie
     afgelopen is.
 11. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in
-    de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt
-    (`C:\Program Files\R\R-3.x.y`) Hierbij moet je het bestaande bestand
-    overschrijven.
+    de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`). Hierbij
+    moet je het bestaande bestand overschrijven.
 12. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor
-    `C:\Program Files\R\R-3.x.y\library`
+    `C:\R\R-4.x.y\library`
 13. De nieuwe R versie is klaar voor gebruik. De gebruiker moet
     `RStudio` bijwerken.
 

content/installation/administrator/admin_install_rstudio/index.md

@@ -6,7 +6,8 @@ categories: ["installation"]
 tags: ["r", "rstudio", "installation"]
 ---
 
-De installatiebestanden voor de stabiele versies zijn beschikbaar via http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/. De preview versie is beschikbaar via https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/preview/ 
+De installatiebestanden voor de stabiele versies zijn beschikbaar via http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/. 
+De preview versie is beschikbaar via https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/preview/ 
 
 ## Windows
 
@@ -16,12 +17,16 @@ RStudio upgraden doe je door de nieuwe versie te installeren over de oude.
 
 1. Zorg dat eerst `R` geïnstalleerd is.
 1. Voer het 64-bit installatiebestand uit.
+1. Klik _Ja_.
 1. Welkom bij de installatie: klik op _volgende_.
-1. Geef de doelmap en klik op _volgende_. Je mag de standaard gebruiken.
+1. Geef de doelmap en klik op _volgende_. 
+Je mag de standaard gebruiken.
 1. Klik op _installeren_.
 1. Klik op _voltooien_.
+1. Kopieer het bestand [`rstudio-prefs.json`](rstudio-prefs.json) naar de verborgen map `AppData/Roaming/RStudio` in de persoonlijke map van de gebruiker (`C:/users/username`).
 
-**RStudio mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden een aantal R packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
+**RStudio mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** 
+Anders worden een aantal R packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
 
 Test de configuratie door RStudio te starten als een **_gewone_** gebruiker.
 

content/installation/administrator/admin_install_rstudio/rstudio-prefs.json

@@ -0,0 +1,55 @@
+{
+    "panes": {
+        "quadrants": [
+            "Source",
+            "Console",
+            "TabSet1",
+            "TabSet2"
+        ],
+        "tabSet1": [
+            "Environment",
+            "History",
+            "Connections",
+            "Build",
+            "VCS",
+            "Tutorial",
+            "Presentation"
+        ],
+        "tabSet2": [
+            "Files",
+            "Plots",
+            "Packages",
+            "Help",
+            "Viewer"
+        ],
+        "console_left_on_top": false,
+        "console_right_on_top": true
+    },
+    "save_workspace": "never",
+    "load_workspace": false,
+    "soft_wrap_r_files": true,
+    "continue_comments_on_newline": true,
+    "highlight_selected_line": true,
+    "show_invisibles": true,
+    "show_indent_guides": true,
+    "syntax_color_console": true,
+    "scroll_past_end_of_document": true,
+    "highlight_r_function_calls": true,
+    "auto_append_newline": true,
+    "strip_trailing_whitespace": true,
+    "show_help_tooltip_on_idle": true,
+    "check_arguments_to_r_function_calls": true,
+    "check_unexpected_assignment_in_function_call": true,
+    "warn_if_no_such_variable_in_scope": true,
+    "warn_variable_defined_but_not_used": true,
+    "style_diagnostics": true,
+    "line_ending_conversion": "posix",
+    "default_encoding": "UTF-8",
+    "font_size_points": 10,
+    "show_doc_outline_rmd": true,
+    "default_sweave_engine": "knitr",
+    "default_latex_program": "XeLaTeX",
+    "use_tinytex": true,
+    "windows_terminal_shell": "win-cmd",
+    "jobs_tab_visibility": "shown"
+}

content/installation/administrator/admin_install_rtools/index.md

@@ -10,19 +10,19 @@ tags: ["r", "windows", "installation"]
 
 ### Installatie en upgrade
 
-De installatiebestanden zijn beschikbaar via https://cloud.r-project.org/bin/windows/Rtools/
+De installatiebestanden zijn beschikbaar via [cloud.r-project.org](https://cloud.r-project.org/bin/windows/Rtools/).
+Kies de 64-bit versie van de installer.
 
 Bij een upgrade dient eerst de vorige versie te worden verwijderd.
 
-1. Kies `Nederlands` als taal voor de installatie en klik _volgende_.
-1. Klik _volgende_.
-1. Kies `C:\Rtools` (standaard) als installatiemap en klik _volgende_.
-1. Kies uit dropdown menu `Tools for building R packages from source` (standaard) en klik _volgende_.
-1. Vink `Add rtools to system path` aan en klik _volgende_.
-1. Klik _volgende_.
-1. Klik _installeren_.
-1. Klik _voltooien_.
+1. Klik _Ja_.
+1. Kies `C:\rtools40` (standaard) als installatiemap en klik _Next_.
+1. Laat alles aangevinkt en klik _Next_.
+1. Klik _Install_.
+1. Klik _Finish_.
+1. Wijzing `PATH` naar `PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"`.
+1. Start R en controleer of `Sys.which("make")` verwijst naar `"C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"`.
 
 ### Afwijkingen t.o.v. default installatie
 
-- Aanvinken van _Add rtools to system path_
+- Wijzig de systeemvariabele `PATH` naar `PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"`