Skip to content

Commit ce07a89

Browse files
ThierryOThierryO
committed
update Rprofile.site
1 parent 36ca13e commit ce07a89

2 files changed

Lines changed: 134 additions & 119 deletions

File tree

‎content/installation/administrator/admin_install_r/Rprofile.site‎

Lines changed: 1 addition & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -12,9 +12,8 @@ options(
1212
INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable",
1313
inbo = "https://inbo.r-universe.dev"
1414
),
15-
pkgType = "binary",
15+
pkgType = "both",
1616
install.packages.check.source = "no",
17-
install.packages.compile.from.source = "never",
1817
inbo_required = c("checklist", "fortunes", "remotes", "INBOmd", "INBOtheme"),
1918
qgisprocess.detect_newer_qgis = TRUE
2019
)

‎content/installation/administrator/admin_install_r/index.md‎

Lines changed: 133 additions & 117 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
11
---
22
title: "Install R"
33
description: "Instruction for the installation of R (in Dutch)"
4-
date: "2022-06-21"
4+
date: "2024-07-19"
55
authors: [thierryo]
66
categories: ["installation"]
77
tags: ["r", "installation"]
@@ -11,146 +11,162 @@ output:
1111
variant: gfm+footnotes
1212
---
1313

14-
15-
1614
## Windows
1715

18-
Installatiebestand beschikbaar via [cloud.r-project.org](https://cloud.r-project.org/bin/windows/base)
16+
Installatiebestand beschikbaar via
17+
[cloud.r-project.org](https://cloud.r-project.org/bin/windows/base)
1918

20-
In de onderstaande tekst moet je in `R-4.x.y` zowel `x` als `y` vervangen door een cijfer om zo het huidige versienummer te krijgen.
21-
Dus voor versie `R-4.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
19+
In de onderstaande tekst moet je in `R-4.x.y` zowel `x` als `y`
20+
vervangen door een cijfer om zo het huidige versienummer te krijgen. Dus
21+
voor versie `R-4.0.0` is `x` = 0 en `y` = 0.
2222

2323
### Nieuwe installatie van R
2424

25-
1. Voer het bestand _R-4.x.y-win.exe_ uit.
26-
1. Kies _Nederlands_ als taal voor de installatie en klik op _OK_.
27-
1. klik op _Volgende_.
28-
1. Aanvaard de licentievoorwaarden door op _Volgende_ te klikken.
29-
1. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op _Volgende_.
30-
1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_.
31-
Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
32-
1. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op _Volgende_.
33-
1. Geef de map voor het start menu en klik op _Volgende_.
34-
Je mag de standaardwaarde gebruiken.
35-
1. Vink de gewenste extra snelkoppelingen _aan_ (default is ok), alle register entries _aan_ en klik op _Volgende_.
36-
1. R wordt nu geïnstalleerd.
37-
Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
38-
1. Ga naar `Start` en tik "Omgevingsvariabelen" in het veld `Programma's en variabelen zoeken`.
39-
Selecteer `De omgevingsvariabelen van het systeem bewerken`.
40-
Selecteer het tabblad `Geavanceerd` en klik op de knop `Omgevingsvariabelen`.
41-
Ga na of er een systeemvariabele `R_LIBS_USER` met waarde `C:/R/library` bestaat^[Het moeten forward slashes zijn.].
42-
Indien niet, maak deze aan met de knop `Nieuw`.
43-
Sluit al deze schermen via de `OK` knop.
44-
1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`).
45-
Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
46-
1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\R\R-4.x.y\library` en `C:\R\library`.
25+
1. Voer het bestand *R-4.x.y-win.exe* uit.
26+
2. Kies *Nederlands* als taal voor de installatie en klik op *OK*.
27+
3. klik op *Volgende*.
28+
4. Aanvaard de licentievoorwaarden door op *Volgende* te klikken.
29+
5. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op
30+
*Volgende*.
31+
6. Selecteer de gewenste componenten en klik op *Volgende*. Je **MOET**
32+
deze standaardwaarden laten staan.
33+
7. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op *Volgende*.
34+
8. Geef de map voor het start menu en klik op *Volgende*. Je mag de
35+
standaardwaarde gebruiken.
36+
9. Vink de gewenste extra snelkoppelingen *aan* (default is ok), alle
37+
register entries *aan* en klik op *Volgende*.
38+
10. R wordt nu geïnstalleerd. Klik op *Voltooien* als de installatie
39+
afgelopen is.
40+
11. Ga naar `Start` en tik “Omgevingsvariabelen” in het veld
41+
`Programma's en variabelen zoeken`. Selecteer
42+
`De omgevingsvariabelen van het systeem bewerken`. Selecteer het
43+
tabblad `Geavanceerd` en klik op de knop `Omgevingsvariabelen`. Ga
44+
na of er een systeemvariabele `R_LIBS_USER` met waarde
45+
`C:/R/library` bestaat[^1]. Indien niet, maak deze aan met de knop
46+
`Nieuw`. Sluit al deze schermen via de `OK` knop.
47+
12. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in
48+
de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`). Hierbij
49+
moet je het bestaande bestand overschrijven.
50+
13. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor
51+
`C:\R\R-4.x.y\library` en `C:\R\library`.
4752

4853
#### Afwijkingen t.o.v. default installatie
4954

5055
- Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y`
51-
- **alle** gebruikers moeten **volledige** rechten hebben in
52-
- `C:\R\library`
53-
- `C:\R\R-4.x.y\library`
54-
- Systeemvariable `R_LIBS_USER` instellen op `C:/R/library` (**verplicht forward slashes**)
56+
- **alle** gebruikers moeten **volledige** rechten hebben in
57+
- `C:\R\library`
58+
- `C:\R\R-4.x.y\library`
59+
- Systeemvariable `R_LIBS_USER` instellen op `C:/R/library` (**verplicht
60+
forward slashes**)
5561
- [`Rprofile.site`](Rprofile.site) in `C:\R\R-4.x.y\etc` overschrijven
5662

57-
**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.**
58-
Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
63+
**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden
64+
een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de
65+
gebruiker ze niet meer kan updaten.
5966

6067
Start `R` als een gewone gebruiker om de configuratie te testen.
6168

6269
### Upgrade van een bestaande R installatie
6370

64-
**Deze instructies veronderstellen dat R en RStudio in het verleden reeds geïnstalleerd werden volgens de bovenstaande instructies.
65-
Indien dat niet het geval is, volg dan de instructies voor een nieuwe installatie.**
66-
67-
1. Voer het bestand _R-4.x.y-win.exe_ uit.
68-
1. Kies _Nederlands_ als taal voor de installatie en klik op _OK_.
69-
1. klik op _Volgende_.
70-
1. Aanvaard de licentievoorwaarden door op _Volgende_ te klikken.
71-
1. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op _Volgende_.
72-
1. Selecteer de gewenste componenten en klik op _Volgende_.
73-
Je **MOET** deze standaardwaarden laten staan.
74-
1. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op _Volgende_.
75-
1. Geef de map voor het start menu en klik op _Volgende_. Je mag de standaardwaarde gebruiken.
76-
1. Vink de gewenste extra snelkoppelingen _aan_ (default is ok), alle register entries _aan_ en klik op _Volgende_.
77-
1. R wordt nu geïnstalleerd.
78-
Klik op _Voltooien_ als de installatie afgelopen is.
79-
1. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`).
80-
Hierbij moet je het bestaande bestand overschrijven.
81-
1. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor `C:\R\R-4.x.y\library`
82-
1. De nieuwe R versie is klaar voor gebruik. De gebruiker moet `RStudio` bijwerken.
83-
84-
**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.**
85-
Anders worden een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de gebruiker ze niet meer kan updaten.
71+
**Deze instructies veronderstellen dat R en RStudio in het verleden
72+
reeds geïnstalleerd werden volgens de bovenstaande instructies. Indien
73+
dat niet het geval is, volg dan de instructies voor een nieuwe
74+
installatie.**
75+
76+
1. Voer het bestand *R-4.x.y-win.exe* uit.
77+
2. Kies *Nederlands* als taal voor de installatie en klik op *OK*.
78+
3. klik op *Volgende*.
79+
4. Aanvaard de licentievoorwaarden door op *Volgende* te klikken.
80+
5. Wijzig de standaarddoelmap naar `C:\R\R-4.x.y` en klik op
81+
*Volgende*.
82+
6. Selecteer de gewenste componenten en klik op *Volgende*. Je **MOET**
83+
deze standaardwaarden laten staan.
84+
7. Opstartinstelling aanpassen: Kies `Nee` en klik op *Volgende*.
85+
8. Geef de map voor het start menu en klik op *Volgende*. Je mag de
86+
standaardwaarde gebruiken.
87+
9. Vink de gewenste extra snelkoppelingen *aan* (default is ok), alle
88+
register entries *aan* en klik op *Volgende*.
89+
10. R wordt nu geïnstalleerd. Klik op *Voltooien* als de installatie
90+
afgelopen is.
91+
11. Kopieer het bestand [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `etc` in
92+
de doelmap waar je R geïnstalleerd hebt (`C:\R\R-4.x.y`). Hierbij
93+
moet je het bestaande bestand overschrijven.
94+
12. Zorg dat de gebruiker schrijfrechten heeft voor
95+
`C:\R\R-4.x.y\library`
96+
13. De nieuwe R versie is klaar voor gebruik. De gebruiker moet
97+
`RStudio` bijwerken.
98+
99+
**R mag niet met admininstratorrechten gestart worden.** Anders worden
100+
een aantal packages met administrator rechten geïnstalleerd waardoor de
101+
gebruiker ze niet meer kan updaten.
86102

87103
Start `R` als een gewone gebruiker om de configuratie te testen.
88104

89105
### Inhoud `Rprofile.site`
90106

91-
92-
```
93-
options(
94-
papersize = "a4",
95-
tab.width = 2,
96-
width = 80,
97-
help_type = "html",
98-
keep.source.pkgs = TRUE,
99-
xpinch = 300,
100-
ypinch = 300,
101-
yaml.eval.expr = TRUE,
102-
repos = c(
103-
CRAN = "https://cloud.r-project.org/",
104-
INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable",
105-
inbo = "https://inbo.r-universe.dev"
106-
),
107-
pkgType = "binary",
108-
install.packages.check.source = "no",
109-
install.packages.compile.from.source = "never",
110-
inbo_required = c("checklist", "fortunes", "remotes", "INBOmd", "INBOtheme")
111-
)
112-
# display fortune when starting new interactive R session
113-
if (interactive() && "fortunes" %in% rownames(utils::installed.packages())) {
114-
tryCatch(
115-
print(fortunes::fortune()),
116-
error = function(e) {
117-
invisible(NULL)
118-
}
119-
)
120-
}
121-
122-
if ("checklist" %in% rownames(utils::installed.packages())) {
123-
options(
124-
lintr.linter_file = system.file("lintr", package = "checklist")
125-
)
126-
}
127-
128-
if (
129-
interactive() &&
130-
!all(getOption("inbo_required") %in% rownames(utils::installed.packages()))
131-
) {
132-
warning(
133-
c(
134-
"\n",
135-
rep("^", getOption("width")),
136-
"\nThis R installation lacks some required INBO packages.",
137-
"\nPlease install them using the code below:\n",
138-
"\ninstall.packages(c(",
139-
paste0(
140-
"\"",
141-
getOption("inbo_required")[
142-
!getOption("inbo_required") %in% rownames(utils::installed.packages())
143-
],
144-
"\"", collapse = ", "
107+
options(
108+
papersize = "a4",
109+
tab.width = 2,
110+
width = 80,
111+
help_type = "html",
112+
keep.source.pkgs = TRUE,
113+
xpinch = 300,
114+
ypinch = 300,
115+
yaml.eval.expr = TRUE,
116+
repos = c(
117+
CRAN = "https://cloud.r-project.org/",
118+
INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable",
119+
inbo = "https://inbo.r-universe.dev"
145120
),
146-
"))\n\n",
147-
rep("^", getOption("width"))
121+
pkgType = "both",
122+
install.packages.check.source = "no",
123+
inbo_required = c("checklist", "fortunes", "remotes", "INBOmd", "INBOtheme"),
124+
qgisprocess.detect_newer_qgis = TRUE
148125
)
149-
)
150-
}
151-
```
126+
# display fortune when starting new interactive R session
127+
if (interactive() && "fortunes" %in% rownames(utils::installed.packages())) {
128+
tryCatch(
129+
print(fortunes::fortune()),
130+
error = function(e) {
131+
invisible(NULL)
132+
}
133+
)
134+
}
135+
136+
if ("checklist" %in% rownames(utils::installed.packages())) {
137+
options(
138+
lintr.linter_file = system.file("lintr", package = "checklist")
139+
)
140+
}
141+
142+
if (
143+
interactive() &&
144+
!all(getOption("inbo_required") %in% rownames(utils::installed.packages()))
145+
) {
146+
warning(
147+
c(
148+
"\n",
149+
rep("^", getOption("width")),
150+
"\nThis R installation lacks some required INBO packages.",
151+
"\nPlease install them using the code below:\n",
152+
"\ninstall.packages(c(",
153+
paste0(
154+
"\"",
155+
getOption("inbo_required")[
156+
!getOption("inbo_required") %in% rownames(utils::installed.packages())
157+
],
158+
"\"", collapse = ", "
159+
),
160+
"))\n\n",
161+
rep("^", getOption("width"))
162+
)
163+
)
164+
}
152165

153166
## Ubuntu
154167

155-
Instructies om R te installeren onder Ubuntu zijn beschikbaar op https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu.
156-
Na de installatie kopier je [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `/etc/R`.
168+
Instructies om R te installeren onder Ubuntu zijn beschikbaar op
169+
<https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu>. Na de installatie kopier
170+
je [`Rprofile.site`](Rprofile.site) naar `/etc/R`.
171+
172+
[^1]: Het moeten forward slashes zijn.

0 commit comments

Comments
 (0)