Приложение - тоже модуль

[mrTimofey]

Стоит рассматривать приложение не как входную точку всего проекта, а как отдельный модуль в его составе. Просто этот модуль имеет свойство "запускаемости", то есть собирает все зависимости, предоставляет, допустим, точку входа для маунта. А дальше в каком-то конфиге (прям в package.json?) мы декларируем, что точка входа проекта - вот этот файлик в от в этом модуле.

[mrTimofey]

Зачем: у проекта может быть несколько точек входа, оно может предоставлять что-то типа микрофронтов или виджетов. (типа монорепа, в целом кажется, что вся дока укладывается в это).