rdkit-scripts

计算PPI界面残基的SASA变化

通过以下方式调用： python sasa.py input.pdb A 89

其中，input.pdb含有A、B两个残基，计算复合物与单体状态时指定残基的ΔSASA。

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使用说明

1. 基本运行：

   python sasa_calc.py 1IAR_prepared.pdb A 89

2. 批量处理示例： 如果你想遍历一个包含多个残基的列表（例如残基 89, 90, 91），可以使用简单的 Shell 循环：

   for res in 89 90 91; do python sasa_calc.py protein.pdb A $res; done

提示：

如果你需要处理大规模的虚筛结果或长程 MD 轨迹的每一帧，可以将 Chem.MolFromPDBFile 移到循环外，仅在内存中操作 EditableMol，这样可以极大减少磁盘 I/O 开销。